对于同一性质的违法行为，同时违反了《医疗废物管理条例》和《消毒管理办法》，只能按《医疗废物管理条例》的规定进行处罚，而不能同时进行两次处罚。一事不能二罚。 《医疗废物管理条例》是法规，其效力大于《消毒管理办法》，如果已经用《医疗废物管理条例》对当事人进行了处罚，就不能再用《消毒管理办法》对当事人进行处罚了。 如果同时违反了两个法规，可以立两个案件，分别查处处罚，合并执行。
收购医疗废物如何处罚？根据巜医疗废物管理条例》第53条规定：违法所得超过5000元，处2倍以上，5倍以下罚款。无或不足5000元违法所得，处5000元以上2万元以下罚款。
医疗废物管理条例 国务院令第380号
第二章 医疗废物管理的一般规定
第七条 医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位，应当建立、健全医疗废物管理责任制，其法定代表人为第一责任人，切实履行职责，防止因医疗废物导致传染病传播和环境污染事故。
第八条 医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位，应当制定与医疗废物安全处置有关的规章制度和在发生意外事故时的应急方案设置监控部门或者专(兼)职人员，负责检查、督促、落实本单位医疗废物的管理工作，防止违反本条例的行为发生。
第九条 医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位，应当对本单位从事医疗废物收集、运送、贮存、处置等工作的人员和管理人员，进行相关法律和专业技术、安全防护以及紧急处理等知识的培训。
第十条 医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位，应当采取有效的职业卫生防护措施，为从事医疗废物收集、运送、贮存、处置等工作的人员和管理人员，配备必要的防护用品，定期进行健康检查必要时，对有关人员进行免疫接种，防止其受到健康损害。